A histoplasmose é uma infecção fúngica de caráter oportunista, com evolução aguda ou crônica capaz de acometer aves, homem e outros mamíferos e seu agente etiológico é o Histoplasma capsulatum. Métodos de identificação de isolados de H. capsulatum utilizando características morfológicas e teste de reversibilidade são influenciados diretamente pelo tempo e técnicas de cultivo o que pode dificultar a identificação precisa do agente. Dentro deste contexto, este trabalho objetivou a caracterização de isolados clínicos de H. capsulatum por meio de técnicas moleculares, utilizando marcadores RAPD e sequenciamento de regiões ITS do DNAr visando à elucidação taxonômica, o estudo da variabilidade genética e um melhor entendimento da relação de isolados H. capsulatum, de diferentes procedências, com seus hospedeiros.