Uma revisão dos trabalhos publicados na área de ensino de Ciências, nacional e internacionalmente, revela que o ensino centrado na modelação é considerado como uma dasestratégias didáticas mais efetivas para a melhoria da compreensão dos conceitos científicos. No entanto, uma analise mais detalhada revela que o que se entende por modelo ou por processo de modelação é muito amplo e desconsidera as diferenças entre as especificidades das ciências. Neste trabalho nos propomos trazer à discussão as diferenças e similaridades que têm a modelação em Física e em Química, tomando como referência as diferentes tradições explicativas que nelas surgiram principalmente nos séculos XVIII e XIX. A partir desse estudo, discutimos quais as implicações didáticas de se levar ou não em consideração estas diferenças.