Espécies bacterianas são definidas com base em diversos caracteres fenotípicos, relações DNA-DNA e mais recentemente com base no sequênciamento do 16S rRNA. Porém é sabido que o 16S rRNA não é polimórfico o suficiente para diferenciação e inferências filogenéticas confiáveis em espécies muito relacionadas. Sequências completas dos genes 16S rRNA, rpoB e gyrB de 52 espécies bacterianas e cloroplastos foram retiradas do Genbank e analisadas por três métodos; Neighbor Joining, Maximum Parsimony e Maximum Likelihood, para acessar sua utilidade como ferramentas em taxonomia e filogenia microbiana.